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M&Aによる株式売却が成約し、売却代金が口座に振り込まれた瞬間は、何年もかけて育ててきた会社に区切りをつけた達成感と、複雑な感情が入り混じる特別な瞬間です。しかし、その興奮が落ち着いたころに、多くのオーナーから同じ質問が届きます。「確定申告って、どうするんですか？」
M&Aで会社を売却すると、売却益（株式譲渡益）に対して税金が発生します。会社員なら源泉徴収で済む話も、オーナー社長が個人として株式を譲渡した場合は、自分で確定申告を行う必要があります。ところが、この申告を正確に行っている方は意外と少なく、取得費の計算を誤って税額を多く払ってしまったり、使える控除を見落としていたりするケースを、私は現場で何度も目にしてきました。
この記事では、M&A売却後の確定申告の基本的な仕組みから、申告手順、そして中小企業オーナーが押さえておくべき節税のポイントを3つ、実務の視点からわかりやすく解説します。
M&A売却後になぜ確定申告が必要なのか
まず、確定申告が必要になる理由を整理しておきましょう。オーナーが自分の会社の株式を買い手に譲渡した場合、税務上は「株式等の譲渡所得」として扱われます。この所得は、申告分離課税の対象であり、給与所得や事業所得とは切り離して計算・申告する必要があります。
税率は原則として所得税15.315%（復興特別所得税を含む）＋住民税5%の合計20.315%です。仮に売却益（課税対象の譲渡益）が2億円であれば、約4,063万円の税負担が生じる計算です。この金額は決して小さくなく、だからこそ「正確に計算する」ことと「使える節税策を活用する」ことの両方が重要になります。
申告が不要になるケースはほぼない
稀に「証券会社の特定口座（源泉徴収あり）を通じた上場株式の売却」であれば申告不要になりますが、中小企業のM&Aにおける非上場株式の譲渡は、ほぼすべてのケースで確定申告が必要です。売却代金が少額だったとしても、申告義務は免除されません。
株式譲渡益の計算方法｜取得費と譲渡費用をどう把握するか
📋 株式譲渡益の計算方法｜取得費と譲渡費用をどう把握するかの流れ
確定申告で申告する「株式譲渡益」は、次の計算式で算出します。
株式譲渡益 ＝ 譲渡価格 － 取得費 － 譲渡費用
それぞれの内容を見ていきましょう。
譲渡価格
売買契約書に記載されている株式の売却金額です。ここは比較的シンプルですが、アーンアウト条項（業績連動の追加対価）が設定されている場合は、追加対価を受け取った年度にも譲渡所得が発生するため、注意が必要です。
取得費（ここが最大のポイント）
取得費とは、その株式を取得したときに実際にかかった費用の合計です。会社を設立したオーナーであれば、設立時に払い込んだ出資金（資本金）が基本的な取得費になります。ただし、以下のような場合は計算が複雑になります。
- 増資を繰り返して資本金が積み上がっている場合
- 相続や贈与によって株式を取得した場合（相続税評価額がベース）
- 第三者から株式を買い取ったことがある場合（その購入価格）
- 従業員持株会やストックオプションで取得した株式が混在する場合
取得費の計算を誤ると、税負担が大きく変わります。私がアドバイザーとして関わった案件でも、創業から30年以上経過した企業の株式は過去の資本政策の履歴が複雑で、取得費の確定だけで税理士と1か月以上かけて資料を精査したケースがありました。M&Aの成約後は、早期に税理士と一緒に取得費の計算に着手することを強くお勧めします。
取得費が不明な場合の特例
株式の取得費が不明または計算できない場合は、「概算取得費」として譲渡価格の5%を取得費とみなす制度があります。ただしこれは、正確な取得費が明らかに5%を上回る場合にはかえって損をします。古い設立書類、株主名簿、過去の払込証明書などをあらためて探し出す価値は十分にあります。
譲渡費用
譲渡に直接かかった費用を差し引くことができます。M&Aの文脈では、M&A仲介会社やFAに支払った成功報酬（仲介手数料）が代表例です。デューデリジェンスに伴う弁護士費用や、株式譲渡契約書の作成費用なども含まれる場合がありますが、範囲については税理士に確認してください。
成功報酬は一般的に売却価格の数%から数十%（レーマン方式）に及ぶため、適切に計上できれば課税対象となる譲渡益を大きく圧縮できます。
確定申告の手順｜いつまでに何をするか
📋 確定申告の手順｜いつまでに何をするかの流れ
申告の流れを時系列で整理します。
ステップ1：申告時期を確認する
株式譲渡益の確定申告は、譲渡が完了した年の翌年2月16日〜3月15日が申告・納税の期限です。M&Aのクロージング（株式の引渡しと代金決済）が完了した年度が対象年度になります。
たとえば、2026年9月にクロージングが完了した場合、翌年2027年の確定申告期間（2月16日〜3月15日）に申告します。
ステップ2：必要書類を準備する
申告に必要な主な書類は以下のとおりです。
- 株式譲渡契約書（SPA）のコピー
- 売却代金の振込明細・計算書
- 株式取得時の払込証明書・設立書類
- M&A仲介会社からの費用明細・領収書
- その他譲渡費用に関する領収書
- （相続・贈与で取得した場合）相続税の申告書類、評価明細
ステップ3：確定申告書を作成・提出する
申告書は国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（e-Tax）からオンラインで作成・提出できます。株式等の譲渡所得がある場合は、「確定申告書 第三表（分離課税用）」を使用します。また、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書も添付が必要です。
ただし、譲渡額が数千万円〜数億円規模のM&Aの場合は、独力での申告は実務的にリスクがあります。必ずM&A税務に精通した税理士に依頼することをお勧めします。
ステップ4：住民税の申告も忘れずに
確定申告を行うと、住民税（5%）は翌年度に市区町村から納付書が送られてきます（普通徴収）。別途手続きは不要ですが、翌年に大きな住民税の請求が来ることを忘れて資金計画を誤らないよう注意してください。
中小企業オーナーが知るべき節税3つのポイント
ここからが、この記事の核心部分です。適切に活用すれば、数百万円単位で税負担が変わる可能性のある節税策を3つ解説します。
節税ポイント1：取得費を徹底的に洗い出す
最初に述べた取得費の話に戻りますが、これが最も効果の大きい節税です。取得費が高ければ高いほど、課税される譲渡益は少なくなります。
特に注意が必要なのは、創業後に増資を行っている場合です。増資のたびに払い込まれた金額は、すべて取得費に算入できます。また、自己株式を取得して消却した履歴がある場合、1株あたりの取得費単価が変動するため、慎重に計算する必要があります。
さらに、相続によって株式を取得したオーナーの場合、相続税の申告時の評価額が取得費になる場合があります。相続税評価額が高かった場合は有利に働きますが、評価方法の選択によっては相続税と譲渡所得税の二重の最適化が可能なため、相続税申告を行った税理士と連携することが重要です。
節税ポイント2：株式譲渡損失の損益通算と繰越控除を活用する
上場株式等の売却損がある場合、M&Aによる非上場株式の譲渡益とは直接は損益通算できませんが、上場株式等の譲渡損失と上場株式等の配当所得は通算できます。一方で、非上場株式の譲渡損失は、同じ年の非上場株式の譲渡益とのみ通算できます。
もし売却対象の会社以外に複数の会社の株式（非上場）を保有していて、一部は含み損がある場合、M&Aの売却年度に含み損の株式を意図的に売却することで損益を通算し、譲渡益を圧縮することが可能です。これは「損出し」と呼ばれる手法で、事前の計画が必要ですが効果は大きいです。
また、損益通算をしても控除しきれない損失は、翌年以降3年間にわたって繰り越して、将来の株式譲渡益から差し引くことができます（繰越控除）。
節税ポイント3：役員退職金との組み合わせで実質的な節税を図る
M&Aの成約前に、オーナー社長が役員退職金を受け取ることは、非常に有効な節税策の一つです。退職金は「退職所得控除」が大きく、分離課税の上に、課税対象となる金額が2分の1になる優遇措置があるため、給与所得や株式譲渡所得と比べて格段に税率が低くなります。
ただし、役員退職金はM&Aの成約前に会社から支給されることが条件です。成約後に支給すると、すでに買い手の会社になっているため、手続き上も実務上も困難になります。また、退職金の金額は「功績倍率法」に基づいて適切な範囲で設定しなければ、税務調査で否認されるリスクがあります。
役員退職金の活用は、M&Aの検討段階から税理士と一緒に設計することが重要です。成約の直前になって「やっぱり退職金を出したい」と言っても、タイムスケジュール的に対応できないことがあります。
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申告で陥りやすい3つのミスと対策
実務でよく見かける申告ミスをまとめます。
ミス1：仲介手数料を譲渡費用に入れ忘れる
M&A仲介会社に支払う成功報酬は、株式の売却に直接要した費用として譲渡費用に算入できます。これを単純に「経費」として処理して申告を終えてしまう方がいますが、正確には株式譲渡所得の計算において差し引く費用です。税理士に依頼する際は、仲介手数料の領収書を必ず提示してください。
ミス2：アーンアウト対価を申告漏れする
M&Aの対価が複数年に分けて支払われるアーンアウト構造の場合、最初の売却年だけでなく、追加対価を受け取った年度にも確定申告が必要になります。成約年の申告を終えて安心していると、翌年・翌々年に申告漏れが発生するリスクがあります。
ミス3：住民税の納付資金を用意していない
株式譲渡益に対する住民税（5%）は、確定申告の翌年6月以降に納付書が届きます。所得税は確定申告と同時に納付しますが、住民税は1年後になるため、資金をすでに運用や使途に充ててしまい、納付資金が足りなくなるケースがあります。売却後は少なくとも売却益の21%程度を税金として確保しておくことが鉄則です。
M&A税務に強い税理士の選び方
株式譲渡のM&A税務は、一般的な確定申告とは異なる専門知識が求められます。地域の馴染みの税理士が必ずしも対応できるとは限りません。以下の点を確認して選ぶことをお勧めします。
- M&Aや株式譲渡の申告実績が複数件あるか
- 非上場株式の取得費計算に慣れているか
- 役員退職金の適正額設計に対応できるか
- M&A成約前の相談（売却前の税務設計）にも対応できるか
M&A仲介会社に相談すると、提携している税理士を紹介してもらえることが多いです。ただし、仲介会社系列の税理士は売り手目線での税務設計が得意な場合と、そうでない場合があります。紹介された場合でも、「M&Aの税務申告を何件やったことがあるか」を率直に確認することをお勧めします。
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まとめ｜M&A売却後の確定申告は「準備」がすべて
M&A売却後の確定申告で最も重要なのは、成約後に慌てて動くのではなく、売却プロセスの途中から税務の準備を始めることです。取得費の証拠書類の収集、役員退職金の設計、損出し売却のタイミングなど、多くの節税策は「成約後では間に合わない」ものがほとんどです。
本記事でお伝えした3つの節税ポイントを改めて整理します。
- 取得費を徹底的に洗い出す：増資履歴・相続取得の評価額・買い集めコストをすべて拾う
- 損益通算と繰越控除を活用する：含み損の株式を戦略的に売却して譲渡益を圧縮する
- 役員退職金との組み合わせで節税する：M&A成約前に機能する強力な節税策
10億円規模の売却益でも、これらの節税策を適切に組み合わせることで、税負担を数千万円単位で抑えられる可能性があります。一方で、誤った申告や申告漏れは、税務調査や延滞税・加算税のリスクにつながります。
M&Aを検討しはじめた段階から、税理士との連携を意識してください。それが、最終的な手取り額を最大化するための最善策です。
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